罗马城被意大利吞并后，教廷在罗马城以及意大利各地的地产、宫殿、庄园纷纷被没收，连教皇的正式宫殿——奎里纳尔宫也被没收，成为意大利皇宫。庇护九世退缩至梵蒂冈城堡内，并宣布自己为“梵蒂冈的囚徒”，以示对意大利强行吞并教皇国的抗议。在“梵蒂冈的囚徒”这段时间里，教皇将自己禁锢在梵蒂冈城堡内，其活动范围最远只达圣彼得大教堂广场入口，教皇也不再巡幸其主座教堂——位于罗马城另一端的圣约翰拉特兰教堂，以及罗马郊外的行宫。
由于教皇国在历史上是一个独立的主权国家，因此在许多国家派驻有外交使节，并作为一个国家得到各国的承认。意大利的共和主义者如加里波第等人建议进军梵蒂冈城，完全消灭掉教皇的世俗权力，但是这个提议在意大利国内没有被占优势的保守派民族主义者接受，梵蒂冈城继续保持了独立状态，而意大利也无法完全无视这一事实。庇护九世之后的历代教皇均敌视新的意大利王国，甚至不准信徒担任意大利王国的公职。
所谓“梵蒂冈囚徒”时期从1870年一直延续至1929年。此时意大利统一已有69年，教皇国灭亡也有59年，教廷对意大利的长期敌视和抵制已经显得不合时宜。1929年2月11日，教皇庇护十一世的代表与意大利王国代表在罗马的拉特兰宫签署了解决双方悬案的最终协议，即拉特兰条约。
根据拉特兰条约的规定，教廷最终承认意大利的统一，以及罗马成为意大利首都。意大利王国承认教皇在梵蒂冈城堡内至高无上的权威和世俗统治权力，梵蒂冈城堡成为独立的梵蒂冈城国。此外，条约还规定了天主教及教会在意大利的政治地位，意大利王国对意大利统一战争期间没收的教会财产进行了最终赔偿。从法理上说，延续了11个世纪的教皇国在1929年2月11日这一天正式灭亡，由梵蒂冈城国取而代之。
现在的“梵蒂冈城国”是世界上最小的主权国家，也是世界上人口最少的国家。位于意大利首都罗马城西北角的梵蒂冈高地上，四面都与意大利接壤，是一个“国中国”。领土包括圣彼得广场圣彼得大教堂梵蒂冈宫梵蒂冈博物馆等。国土大致呈三角形，除位于城东南的圣彼得广场外，国界以梵蒂冈古城墙为标志。梵蒂冈属亚热带地中海型气候。梵蒂冈城本身就是一件伟大的文化瑰宝，拥有许多世上重要的作品。虽然梵蒂冈在地理上是一个小国，但因天主教在全球庞大的信仰人口，使其在政治和文化等领域拥有着世界性的影响力。