但是，古罗马共和制的残余在教皇国中仍然存在。1337年，教皇本笃十二世从罗马市民手中接受了元老和大将的头衔，以及共和国执政官的称号。1347年，在一场不流血的革命中，教皇公证员科拉·迪·里恩佐被任命为罗马城的保民官，他实行了一些改革，抑制贵族们的过分行为。
到18世纪末，归于教皇名下的领土疆域达到了巅峰。这些土地包括拉丁（Latium，即今日的拉齐奥地区）、翁布里亚马尔凯，向北囊括了拉文纳费拉拉、波伦亚（博洛尼亚），直抵罗马涅地区。在南方，教皇在那不勒斯王国拥有两块飞地，即贝内文托和蓬特科沃。在法国，教皇拥有阿维尼翁城和罗纳河以东的领土（Comtat Venaissin）。
法国大革命给罗马教廷带来了极大的损失。1791年，教皇在法国的领地被法国吞并。1796年，法国军队侵入意大利时，教皇国的北方领土也被法国吞并，并成为内阿尔卑斯共和国的一部分。1798年，法军长驱直入教皇国腹地，攻占了罗马城，并成立了罗马共和国。教皇庇护六世被擒，流放到法国。
1800年，反法同盟与法国达成和议，第二次反法同盟解散。此后法国恢复了教皇国，庇护七世返回罗马。但是，1808年，法军再度进攻教皇国，并将其彻底灭亡。罗马城和教皇国的西半部被并入法国，东半部则并入以拿破仑为国王的意大利王国。
在1815年维也纳会议上，教皇国被重建。此后的历任教皇在教皇国内推行了一系列保守的反动政策。直至庇护九世时期，由于1848年欧洲革命的影响，教皇国方开始着手进行一些自由化改革。
拿破仑战争标志着近代欧洲民族主义思潮的兴起，意大利、德意志等族的民族意识被唤醒，意大利人要求民族统一的呼声日高。但是，在维也纳会议之后，意大利恢复了昔日四分五裂的局面，而且北部的伦巴底、威尼斯等地区处于奥地利的统治之下。
1848年，欧洲爆发自由主义革命，其首先发起地点为意大利的西西里岛，而波及的国家几乎涵盖全欧洲，仅俄国、西班牙及北欧少数国家未受影响。1848年11月15日，教皇国司法大臣佩雷里诺·罗西（Pellegrino Rossi）被暗杀，次日罗马市民走上街头游行，要求教皇国实行社会改革、指定民主政府、以及对奥地利宣战。11月24日晚，教皇庇护九世化装为普通教士逃离罗马，前往两西西里王国避难。教廷主教卡洛·穆扎雷利（Carlo Emanuele Muzzarelli）组成了留守政府，随后颁布了一些自由化的新法令，教皇因此拒绝承认该政府，并在流亡地组建了新政府。
为了将教皇迎回罗马，罗马市长组成了一个代表团，前往教皇避难地加埃塔城堡，但教皇拒绝返回罗马。罗马城中首次出现了没有政府的情况，因此市民在1849年1月21日举行了首届自由选举，以组成制宪会议，年满21岁的男性都可以投票。2月8日，制宪会议宣布成立罗马共和国，以三人执政委员会为元首，教皇仅保留宗教领袖的地位。罗马共和国的宪法宣布宗教自由，给予犹太人平等地位，废除死刑，还取消重税、新增工作职位。意大利爱国者及军人朱塞佩·加里波底组织了一支名为“意大利军团”的