他于1847年9月6日离开瓦尔登湖，重新和住在康科德城的他的朋友兼导师拉尔夫·沃尔多·爱默生一家生活在一起。他决定研究自然史，纯是出于天性。
梭罗因肺病医治无效，病逝于1862年5月6日，时年仅44岁。当时在同时代人的眼中，他只不过是一个观念偏执行为怪异的人，一个爱默生的追求者而已。一直到世纪之交他及其著作才得到了广泛和深刻的认识。
梭罗身材不高。很坚实，浅色的皮肤，健壮的严肃的蓝眼睛，庄重的态度——在晚年他脸上留着胡须，与他很相宜。他的五官都敏锐，他体格结实，能够吃苦耐劳，他的手使用起工具来，是强壮敏捷的。而他的身体与精神配合得非常好，他能够用脚步测量距离，比别人用尺量得还准些。他说他夜里在树林中寻找路径，用脚比用眼睛强，他能够用眼睛估计两棵树的高度，非常准确；他能够像一个牲畜贩子一样地估计一头牛或是一头猪的重量。一只盒子里装着许多散置着的铅笔，他可以迅速地用手将铅笔一把一把抓出来，每次恰好抓出一打之数。他善于游泳，赛跑，溜冰，划船，在从早至晚的长途步行中，大概能够压倒任何乡民。而他的身体与精神的关系比我们臆度的这些还要精妙。他说他的腿所走的每一步路，都是他要走的。照例他路走得越长，所写的作品也更长。如果把他关在家里，他就完全不写了。
《康科德和梅里麦克河上的一周》（A Week on the Concord and Merrimac Rivers ，1849年）
《论公民的不服从权利》 （Civil Disobedience ，1849年）
《马萨诸赛州的奴隶制度》 （Slavery in Massachusetts ，1854年）
《为约翰·布朗上校请愿》 （A Plea for Captain John Brown ，1860年）
《马萨诸赛州的早春》（Early Spring in Massachusetts，1881年）
梭罗最初与最后的旅行（The First and Last Journeys of Thoreau ，1905年）。
《瓦尔登湖》是19世纪美国作家梭罗的一部文学名作。作为他的主要著作之一，《瓦尔登湖》是梭罗在瓦登湖林中二年零二个月又二天的生活和思想纪录。这是一本清新、健康、引人向上的书，它向世人揭示了作者在回归自然的生活实验中所发现的人生真谛--如果一个人能满足于基本的生活所需，其实便可以更从容、更充实地享受人生。
鉴于他的第一部书《康科德和梅里马克河上的一周》的失败，这一次他格外慎重，没有仓促出版而是静下心来重新写作，使之更加完美。在此后的五年里，他一次又一次地反复修改、补充、完善，有时为了使内容更加和谐统一，甚至将整个段落改动。在《瓦尔登湖》一书中，有许多篇幅是关于动物和植物的观察记录。梭罗在这里花费了大量的时间和精力观察鸟类、动物、花草和树木的变化，以致于使其同时代的人误将此书理解成一本有关自然的文献，而忽略了其中关于哲学的内容。其实，梭罗的贡献是建立在这两方面之上的。