未几，京师在同年3月下诏，表示为了践约，容许英国人入城一次，但下不为例，惟而有关建议仍为徐广缙所反对。徐广缙认为，英国人一旦入城，将会导致人心瓦解，内外交讧，不可一试。同时间，文咸为了展示英方实力，特地将三艘军舰调到香港，并以小艇测水探路，以示恫吓，但这样却进一步激起广州民情。在得到徐广缙支持下，广州十三行在3月开始停止通商，而民间更组织团练十万，防范英国人入城，形势十分危急。贸易中断后，各国外商损失惨重，为了重开贸易，英商士绅遂向文咸发联署信，要求搁置入城要求。
受到各方压力下，文咸终在1849年4月9日致函徐广缙，信中表示“所争论的问题没有进展，只得暂时搁置”，根据文咸与及英方的信中原意，入城议题只因为没有进展而暂时搁置，但有关信件被英方的德籍翻译郭士立翻译后，却变成“所议之款，今如前未定，必须存候也”，结果根据徐广缙的解读，就以为英方已经永远放弃进入广州城的要求，并且向道光帝加以禀报。
有关入城践约之争后随着贸易重开而被搁置下来，但数个月以后，文咸复提出入城之议，惟徐广缙以贸易已经恢复而加以拒绝。在1850年，文咸曾遣人到上海及天津向大学士穆彰阿及耆英递信陈情，但都没有下文，此后入城践约一事就慢慢被搁置下来。终文咸一任，外国人始终不能进入广州城，一直到第二次鸦片战争以后，广州门禁才得以打破。
在1851年1月，拜上帝会创办人洪秀全在广西发动金田起义，聚众建立太平天国，实行揭竿起义，试图推翻积弱的清廷。太平天国的起义很快席卷整个江南地区，及至1853年，太平军人数已暴增至五十万人，大军更在同年3月攻陷南京，并将之定为“天京”，一时之间，声势十分浩大。
当时外国对于清廷及太平天国谁胜谁负，没有把握，因此初时多表示保持中立。由于太平天国主张信奉上帝和基督，而领袖洪秀全更自命“天王”，与基督以“天兄”相称，因此引起不少外国人的兴趣。其中，为了清楚了解太平天国的对外态度，文咸在1853年4月27日乘坐“HMS赫尔梅斯号”（HMS Hermes），亲自抵达“天京”访问洪秀全。
文咸曾试图与太平天国“天王”洪秀全会面，但不成功。文咸抵达不久，就因宫廷仪规而未能直接与洪秀全见面，但他的翻译密迪乐（Mr. Meadows）就成功拜会“北王”韦昌辉和“翼王”石达开。然而，在与太平天国交涉期间，文咸对之大感失望，尽管他得知洪秀全承诺让外国人在太平天国内自由通商，但他却拒绝承认清廷与英国签订的《南京条约》。文咸曾言如果太平天国拒绝承认外国在华通商权益，将使英国协助清廷一方，但太平天国一方却不为所动[3]。另一方面，文咸发现太平天国的人生活十分腐败糜烂，穷奢极侈，而且对外国人不表欢迎，与想像中的基督徒社会有很大出入，这使文咸对洪秀全及太平天国留下不佳印象。