过了一段日子后，文咸再被起用，于1848年被委为第三任香港总督。在此以前，文咸的前任戴维斯爵士曾因为大肆征税以致大失民心，相反，文咸在任海峡殖民地总督期间，当地政通人和，颇受爱戴，再加上文咸向以为人务实敦厚著称，又具管治华人的经验，因此在得到时任外相的力荐下，英廷选择以文咸为港督，试图挽回香港居民对政府的信心。
在上任之前，英廷特别向文咸授予CB勋衔，他未几在1848年3月21日抵港履新，除了港督职务外，他还同时兼任英国驻华全权公使、英国驻华商务总监和香港岛海军中将，全面主理对华的外交及贸易事务，在同年4月8日，文咸复以威妥玛出任港督私人秘书。文咸曾于其他殖民地任职，富有殖民地行政管理经验，这亦使他成为首位在殖民地政府出身的港督。
不同于前两任港督，文咸在任时声望良好，亦平息了香港居民对政府的不满。文咸在任港督期间为定例局首次引入非官守议员的议席，又成功紧缩开支，以及争取使香港地契由75年延长至999年。另一方面，文咸任内亦曾多番与交涉，要求准许英商践约进入广州城，但最后没有下文。文咸曾于1853年访问南京太平天国领袖展开会谈，会谈的不快促使英国对太平天国采取中立的态度。
1837年起，先后被委任为新加坡、马六甲及威尔斯王子岛的总督。1848年3月，又被委任为香港第三任总督。文咸上任后，基于香港面临的大量财政赤字，决定节省政府开支，放弃一切公共建筑计划。在行政官员与驻军中，实行裁减人员与薪金的措施，获得一定成效，政府财政支出从1848年的62658镑，减至1853年的36418镑，削减几乎一半。为了取得香港英商对政府的支持，他向英政府建议，任命两名本地居民为议政局和定例局议员。英国政府同意定例局增设非官守议员，而不同意议政局增设。这—措施获得了市民的支持和拥护。1850年，太平天国运动兴起，广东一带居民为避战火，纷纷来港，其中不少殷实富户，他们带来资金，在港从事各种经营，发展了香港的工商业，还有美国西部发现金矿，大批华工经香港赴美淘金，促进了香港的繁荣。人口由1848年的23998人增至1854年的55715人。市政建设也有成效，香港俱乐部、圣约翰大教堂、辅政司署、剧场、跑马场及新总督府相继破土动工，并制定了一套早期城市发展计划。卫生方面，在其任内也有显著改进，居民传染病死亡率较前大大减低。故历史学家称其为香港开埠初期一位成功的总督。1853年，太平天国奠都南京，他亲自赶到南京，希望太平天国接受《南京条约》，遭洪秀全拒绝，1854年4月卸任回国，后封为“从男爵”。
前任港督戴维斯爵士的施政因深受非议而黯然下台。文咸上任港督以后，立即着手于挽回民心。一方面，他宣布取消前任总督设立的不合理税收，使华人不再罢市离埠；另一方面，为了讨好不满的英商，在得到时任陆军及殖民地大臣格雷勋爵的准许下，文咸在1849年11月邀请十五名非官守太平绅士，表示打算委任其中两人为定例局非官守议员。十五名太平绅士随后在同年12月推举出渣甸洋行大班大卫·渣甸及威廉·渣甸的外甥约瑟·艾德格出任议员，其中又以大卫·渣甸出任首任首席非官守议员，两人其后于1850年6月正式履新。自此以后，历年定例局内皆置有非官守议席，而渣甸洋行在第二次世界大战以前在定例局（后称立法局）更必定占有席位。