二是水污染防治项目资金管理使用不规范。2个县（市）财政局未按进度支付污染防治资金，涉及资金3,477万元。
2019年一季度，对各地各部门减税降费政策措施落实情况进行了跟踪检查，存在的主要问题：
一是减税降费政策涉及面广，减税数额巨大，对基层财政收支影响较大。今年一季度，全区为企业和社会减负13.10亿元。部分地县安排2019年收入预算时，考虑不够充分，财政收支矛盾凸显，影响基层运转。
二是部分减税政策执行难度较大。由于部分减税政策出台时间晚于政策执行时间，政策涉及面广，涉及企业多，各地各部门在具体落实政策过程中，操作难度大。
三是个别单位超标准收取履约保证金、违规自行制定项目和收费标准，涉及金额4,711万元。
重点审计了霍尔果斯经济开发区、喀什经济开发区落实丝绸之路经济带核心区建设等政策措施情况。
一是简政放权政策未完全落实。按有关规定，自治区级管理权限要下放至经济开发区，但实际上两个经济开发区管理权限都未承接到位。
二是违规执行优惠政策。为不符合条件的6家企业减免企业所得税及税收返还18.24亿元，违规为9家股权类投资企业兑现奖补资金4,974万元，用电及运输等方面的特殊价格政策未落地。
三是财政管理水平还需要提高。违规出借资金6亿元；预算管理不严格，财政资金沉淀12.04亿元。
四是国有资产管理存在漏洞。未经评估违规处置国有资产1.2亿元，国有资产存在流失风险；对外投资0.6亿元存在损失风险；部分国有控股企业亏损严重。
2018年，全区通过“一卡通”系统发放惠农补贴资金48.11亿元，通过现金发放后补录数据到“一卡通”系统73.60亿元。存在的主要问题：
一是22个县（市）惠农补贴资金发放不及时或长期滞留在当地财政，涉及金额7.79亿元。
三是8个县（市）存在信息化管理不到位、惠农补贴监管审核手段缺失，导致补贴未发放到位等问题。
根据审计署统一要求，对自治区29个县（市、区）2018年保障性安居工程资金投入和使用绩效进行了审计。存在的主要问题：
一是部分县（市）安居工程政策落实不到位。3个县（市）2,610户棚改拆迁居民补偿或安置不到位；7个县（市）未完成2018年度棚户区改造开工任务，涉及房屋5,871套；9个县（市）12,079套安居住房开工建设已超过3年，且超过施工合同约定的竣工期限仍未建成。
二是部分县（市）安居工程资金未能及时发挥效益。9个县（市）超过1年资金未分配，涉及资金5.99亿元；3个县（市）超过2年资金未分配，涉及资金1.98亿元；2个县（市）贷款闲置超过1年，涉及资金1.14亿元。