审计指出问题后，财政厅及相关部门已积极采取措施进行整改，对相关地县财政部门及责任人给予通报批评，同时起草了财政资金管理竞争性谈判制度。
对自治区本级部门预算执行情况进行分析，重点审计了自治区本级11个部门。从审计情况看，2018年度部门预算管理不断加强，预算执行情况总体较好，财政资金使用绩效有所提高。存在的主要问题：
72个单位收到自治区财政下达的项目支出预算指标18.04亿元，当年实际支付5.12亿元，预算执行率低于50%。部分单位结转结余资金较大，影响了资金的使用效益。
3个单位通过非政府采购代理机构购买公务机票，应公开招标未招标等涉及金额822万元。
审计涉及的部门单位，财务核算都不同程度存在问题，如：往来账款长期未及时清理、收支不真实、固定资产长期不入账等，以及违规发放交通费、奖金、值班费等。
重点关注了地方预算单位应付款、清理拖欠民营企业中小企业账款等风险及防范情况。
经对全区18,692个预算单位的财务决算数据进行分析，2018年各地各部门能够贯彻落实自治区党委、政府决策部署，严肃财经法纪，财务收支基本平衡，基本做到“保工资、保运转、保基本民生”。存在的主要问题：
一是部分地（州、市）预算单位应付款金额增幅较大。截至2018年底，全区预算单位应付款合计2,124亿元，比年初增加46亿元，增长2.21%。7个地（州、市）严格落实自治区政策措施，预算单位应付款减少，其中自治区本级单位应付款减少6.22%，3个地（州、市）预算单位应付款减少幅度均在10%以上，但7个地（州、市）的预算单位应付款出现了较大增幅。
二是县级预算单位往来账款规模较大，财务管理不规范。2018年底，全区一级预算单位中，应付款超过1亿元的单位有138个，应付款合计1,695亿元，占全区一级预算单位应付款总额的80%，其中：县（市）级单位75个，应付款533亿元。
审计指出问题后，财政厅高度重视，责成有关地（州）财政部门认真清理预算单位往来账款，积极整改。
一是未及时开展清欠工作。截至审计日，自治区国资委委托监管企业、非自治区国资委监管企业和2018年底新纳入自治区国资委直接监管的企业均未开展清欠工作。4个地（州、市）未按规定开展清欠工作。
二是各地各部门未按要求在2019年1月20前完成优先清理任务，涉及欠款70.23亿元。
按照自治区党委、政府部署要求，重点审计了35个贫困县（市）和有扶贫任务的43个非贫困县（市）（以下简称43个非贫困县）。
2018年11月至12月，统一组织开展全区35个贫困县（市）、特别是22个深度贫困县开展扶贫专项审计，抽审扶贫资金195.78亿元，涉及162个乡镇、475个行政村，重点揭示了扶贫政策措施落实、资金管理使用、项目管理及资金绩效等4个方面22类587个具体问题，向纪委监委等部门移送问题线起。针对审计发现的问题，自治区党委、政府领导作出批示，并多次召开会议研究部署审计查出问题整改工作，结合南疆四地州脱贫攻坚工作座谈会，逐个地（州）现场交办审计查出问题清单，督促整改落实。各级党委、政府高度重视审计查出的问题，纳入中央脱贫攻坚专项巡视发现问题整改总台账，统筹推进整改。审计期间已整改问题309个，收回违规发放、虚报套取资金1.52亿元，其它问题正在整改中。