在1893年韦伯与一名远亲的表妹玛丽安娜·施尼特格尔（Marianne Schnitger）结婚，她后来也成为了一名女性主义者和作家。新婚的两人在1894年搬家至弗莱堡，韦伯在那里获聘为弗莱堡大学的经济学教授。1896年韦伯也被获聘为其母校海德堡大学的教授。一年后韦伯的父亲去世了，在他死前两个月父子间刚巧经历了一场激烈的争吵，这场没有和解的争吵成为韦伯毕生的遗憾。在那之后韦伯患上了失眠症，个性也变的越来越神经质，使他越来越难以胜任教授的工作。他的精神状况使他不得不减少教学量，并且在1899年的学期中途休假离开。韦伯在1900年的夏季和秋季于精神疗养院休息了数个月的时间，接着在年底和妻子前往意大利旅游，一直到1902年的4月才返回海德堡。
在1890年代初期著作频繁的几年后，韦伯在1898年直至1902年底都没有再发表任何著作，最后终于在1903年秋季辞去了教授的职位。在摆脱了学校的束缚后，韦伯在那一年与他的同事维尔纳·松巴特（Werner Sombart）创办了一本名为“社会学和社会福利档案”的社会学期刊，由韦伯担任副编辑。在1904年，韦伯开始于这本期刊发表一些他最重要的文章，尤其是一系列名为《新教伦理与资本主义精神》的论文，这后来成为他毕生最知名的著作，并且也替他后来许多针对文化和宗教对经济体系的影响的研究奠定根基。这篇论文是唯一一篇他在世时便已出版成书的著作。也是在那年，韦伯前往美国旅游，并且参与了当时在圣路易斯所举行的社会和科学大会—那也是世界博览会相关的大会之一。尽管韦伯表现的越来越成功，他仍觉得自己无法再胜任固定的教学工作，因此继续维持着私人学者的身份。1907年韦伯获得一笔可观的遗产，也使他得以继续专心研究无须担忧经济问题。在1912年，韦伯试着组织一个左翼的政党以结合社会民主主义者和自由主义者，最后并没有成功，主要是因为当时的自由主义者仍担忧社会民主主义的革命理念。
1914年大战爆发后，马克斯·韦伯参加军队服役，负责驻在海德堡的几家医院的工作直到1915年底，期间《世界性宗教的经济化理》的一部分（《序》和《儒教与道教》）出版。1916年多次去布鲁塞尔维也纳布达佩斯执行各种非正式的秘密使命，尽力劝说德国的领导人物避免扩大战争，同时他也断言德国对全世界政治负有责任，并认为俄国是主要威胁。
1919年应聘去慕尼黑大学任教，接替布伦塔诺教授的工作。在1919至1920年间讲授的是普通经济学史，后成书，于1924年出版。韦伯支持共和国，但并不热情。他参与慕尼黑的库尔特·埃斯纳的革命专政，是魏玛宪法起草委员会的成员之一。
马克斯·韦伯与卡尔·马克思爱米尔·涂尔干被并列为现代社会学的三大奠基人，尽管他在当时主要被视为是历史学家和经济学家。涂尔干遵循着孔德的方式，以社会学的实证主义进行研究。而韦伯以及他的同僚维尔纳·松巴特（也是德国社会学最知名的代表人物）采纳的则是反实证主义的路线，这些著作开始了反实证主义在社会科学界的革命，强调社会科学与自然科学在本质上的差异，因为他们认为人类的社会行为过于复杂，不可能用传统自然科学的方式加以研究。