就这样，高僧萨顿日巴转世成为索南坚赞之子八思巴。因此，八思巴天赋异禀，读写五明（大五明包括声律学、正理学、医学、工艺学、佛学；小五明包括修辞学、词藻学、韵律学、戏剧学和星象学）不教即通，并说自己的前世是萨顿日巴。萨顿日巴的两位弟子听说后，前来验证，当时八思巴正与其他小孩在一起玩，见到他俩后，立刻认出了他们，问说：“你们来了吗？”两位弟子说：“认识我们吗？”八思巴直接就说出了两人的名字。两位弟子因此对八思巴心生敬仰。有一次，八思巴跟随伯父萨迦班智达，会见朗日巴地方来的僧众，八思巴对其中一位老僧说：“你是我的近侍扎西顿珠！”当这位老僧获知八思巴是自己的上师转生之时，老泪纵横。
八思巴他3岁就会口诵真言、心咒修法，大家都很奇异，纷纷称其为“八思巴”，即藏语“圣者”之意。
笼罩于蒙古铁骑的尘埃之下。1239年，蒙古的兵锋直指西藏， 1240年，蒙古大汗窝阔台之子阔端派兵攻入西藏。蒙古人想找一位西藏高僧进行谈判，就选择了八思巴的伯父，萨迦派教主萨迦班智达贡噶坚赞。
1244年，阔端给萨迦班智达写了一封邀请信，信中表面上是邀请萨迦班智达来凉州（现甘肃武威）商量西藏日后的安排，实际上却是恐吓他“如果不来就让西藏生灵涂炭”。已经63岁的萨迦班智达根据当时的形势，大胆做出决断：去！之所以去，一方面是他不愿见到西藏血流成河，另一方面，他也想借助蒙古人的力量加强自己在西藏的势力——当时西藏教派众多，竞争激烈，若要胜出，必须依靠强大的外部势力。
于是，萨迦班智达不顾体弱多病，带上了他的两个侄子，即10岁的八思巴和6岁的恰那多吉上路了。两年后，3人到达凉州，并在1247年正月见到了阔端，开始了改写蒙藏历史的会谈。这次会谈实际上是萨迦班智达和阔端商谈如何在保证西藏各种势力利益的前提下，使西藏归附蒙古。会谈结束后，萨迦班智达给西藏的民众写了一封言辞恳切的信，促使西藏归附了蒙古。在此期间，因为萨迦班智达医术高超，治好了阔端的旧疾，于是藏传佛教深受阔端的信服。
萨迦班智达和两个侄儿在凉州住了下来，八思巴继续跟着萨迦班智达学习佛教知识，而恰那多吉则穿上蒙古服装，学习蒙古语言。后来，恰那多吉娶了阔端之女，蒙藏贵族之间形成了联姻关系，也符合萨迦昆氏家族以一子繁衍后代的传统。
1251年11月，萨迦班智达在凉州幻化寺圆寂，年仅17岁的八思巴成为萨迦派教主。
1253年夏天，忽必烈的军队到达六盘山、临洮一带，请八思巴到军营一叙，虽然有的史书记载之前八思巴就与忽必烈见过面，但这次是八思巴第一次以教主身份会见忽必烈。忽必烈先是询问了藏族历史和萨迦班智达的情况，随后话锋一转，表示要派人去西藏摊派兵差、收取珍宝。这下八思巴急了，连忙说：“吐蕃不过是边远小地方，地狭民困，请不要摊派兵差。”八思巴再三陈请，忽必烈充耳不闻，八思巴说：“如此，吐蕃的僧人实无必要来此住坐，请放我们回家吧。”正当两人僵持不下时，忽必烈王妃察必的“枕边风”起了重要作用，她对忽必烈说，八思巴要比很多老僧在知识功德方面强许多倍，应该将他留下。