菌落总数是指示性微生物指标，主要用来评价食品清洁度，反映食品在生产过程中是否符合卫生要求。《食品安全国家标准 饮料》（GB 7101—2015）中规定，饮料中菌落总数,一个样品的5次检测结果均不超过104 CFU/ mL，且至少3次检测结果不超过102 CFU/mL。造成菌落总数超标的原因，可能是个别企业未按要求严格控制生产加工过程的卫生条件，或者包装容器清洗消毒不到位；还有可能与产品包装密封不严，储运条件控制不当等有关。
大肠菌群是国内外通用的食品污染常用指示菌之一。食品中检出大肠菌群，提示被致病菌污染的可能性较大。《食品安全国家标准 饮料》（GB 7101—2015）中规定，饮料中的大肠菌群，一个样品的5次检测结果均不超过10CFU/mL，且至少3次检测结果不超过1CFU/mL。造成大肠菌群超标的原因，可能是产品的加工原料、包装材料受污染，或在生产过程中产品受人员、工器具等生产设备、环境的污染、有灭菌工艺的产品灭菌不彻底等。食品中大肠菌群超标，对人体健康有一定潜在的危害。