19世纪中叶，意大利开始逐步统一，1861年建立意大利王国，罗马教皇领地的存在受到威胁。近代科学文化的发展和社会主义思想与运动的兴起，使罗马天主教会遭遇空前危机。为加强教皇权威，庇护九世（1846～1878在位）于1869年12月举行了第一次梵蒂冈宗教公会，有欧洲及其他地区 700余名主教及高级宗教人士参加。
会议经过讨论争辩，于1870年通过了“信仰信条”，反对“现代理性主义谬论”，坚持天主教传统的教义教条，通过“教皇永无谬误”的信条，主张教皇权力神授，高于宗教会议，享有普遍而最高的宗教司法权。在会议进行时，意大利王国于1870年9月占领了罗马，宗教公会于10月休会。
1870年普法战争爆发，拿破仑三世把驻在罗马的军队调回本国，使得意大利王国的军队得以顺利开进罗马城，意大利的统一正式完成，而教宗被迫退居罗马城西北角的梵蒂冈宫中；之后历代教宗均敌视新的意大利王国，甚至不准信徒参与意大利王国的公职。同年意大利收复教皇占据的其他地区，完成国家的统一，消灭了教皇国，教皇的世俗权力被剥夺，并被迫退居梵蒂冈宫内。
1871年意大利政府颁布法令宣布，教皇人身不可侵犯，享有外交特权，允许对外自由来往，并给予年金。但为教皇所拒绝。
19世纪，法兰西第二帝国皇帝拿破仑三世以身为“教会的保护者”的名义出兵保护罗马城。
1929年2月11日，意大利墨索里尼政府同教宗庇护十一世签订了“拉特朗条约”，意大利承认梵蒂冈为主权国家，其主权属教宗。规定从同年7月起成为独立的城市国家。国名全称就叫梵蒂冈城国。梵蒂冈为永久中立国，其国土神圣不可侵犯。此条约正式解决了圣座与意大利政府间多年的纠纷。第二次世界大战期间，梵蒂冈仍按照《拉特兰协议》，保持中立，当时教宗为庇护十二世。意大利王国对意大利统一战争期间没收的教会财产进行了最终赔偿。
从法理上说，延续了11个世纪的教皇国在1929年2月11日这一天正式灭亡，由梵蒂冈城国取而代之。梵蒂冈城国拥有自己的货币、邮政、电讯及民政机构，是政教合一的体制。
第二次世界大战后，为克服教会危机，教皇约翰二十三世（1958～1963在位）于1962年10月召开了第 2次梵蒂冈宗教公会。有100 多个国家与地区的2000多名高级宗教人士参加，并邀请了其他宗教的代表列席。
大会经过4次会期〔后3次由教皇保罗六世主持〕于1965年12月闭会。公会通过了16个文件，强调教会的作用主要在精神方面。教会被定义为“上帝的人民”，提倡关心现代政治、经济、文化、社会问题，对基督新教、东正教和其他宗教采取和解态度，强调信教自由与重视教育。对天主教主要的教义、教规仍重新加以确认，但对教会法规开始逐步修改，放宽了一些禁令和戒律。