2005年6月5日，在星云大师倡导下，******佛光山文教基金会捐资5000多万元来建造鉴真图书馆，在国家宗教局和江苏省宗教局的关心及扬州市委、市政府的直接领导下破土动工了。2007年5月18日鉴真图书馆落成，星云大师亲自来到扬州剪彩并参加了植树活动。
2007年5月大明寺方丈能修法师经过多次努力终于促成大明寺迎来一位特殊的日本客人——年近八旬的池田和夫老先生及夫人女儿将其长期珍藏并敬奉30多年的一尊来自中国西晋的观世音菩萨白玉佛首奉归中国，并无偿捐献给大明寺。为纪念佛首回归在大明寺内建立了一座“弘佛亭”。
山门外东偏壁上，面南嵌着一方石刻，上有擘窠书“淮东第一观”五字。此碑石立于清雍正年间，由扬州知府高士钥提议，用宋代著名诗人秦少游赞颂大明寺景观的句意书刻，字由金坛书法家蒋衡书字。北宋时，扬州属淮南东路辖区，著名文学家苏辙（子由）与秦观（少游）畅游大明寺，作诗唱和。
大明寺东侧晴空阁北院东廊壁上，嵌有清代著名书法家邓石如的篆书《般若波罗蜜多心经》碑刻，乃国内罕见的篆书之宝。书写这部心经时，61岁的邓石如住在山寺月余，每日薰沐素食，躬亲监刻，以示脱俗。此碑书刻精湛，章法雄浑，是邓石如的第一杰作。在大雄宝殿的东廊南壁上，还嵌有邓石如的篆书石刻一方：“岂有文章惊海内，更携书剑客天涯。”亦为邓氏石刻珍品。
清代，雍正帝曾为大明寺题联：“万松月共衣珠朗，五夜风随禅锡鸣。”乾隆题联：“淮海奇观别开清净地，江山静对远契妙明心。
2006年05月25日，扬州大明寺作为清代古建筑，被国务院批准列入第六批全国重点文物保护单位名单。大明寺古建筑群启动修缮工程，此次修缮工程的重点是建于清朝同治年间的大雄宝殿，已近200年历史。本次修缮工程主要将对与传统风貌不符的加以纠正、院落里的杂乱景观进行提升。同时，揭瓦不落架，对木构进行牮正、加固，忠实保存和继承其清同治年间以及民国年间所特有的结构、建筑风格、历史信息及其文化底蕴。除设计中为了更好地保护文物建筑的安全而利用的修补、加固材料外，其他所有维修更换的材料都将坚持原材料、原形制、原工艺。
1980年4月5日，日本裕仁天皇为了表彰鉴真大师对日中友好事业所作出的巨大贡献赠送了回国巡展的鉴真大师像的前面的香炉。日本奈良唐招提寺长老森本孝顺赠给扬州大明寺长明石笼一座，安装在寺内鉴真纪念堂前，至今不灭。 1980年，赵朴初会长为迎接鉴真大和尚坐像回国巡展，题“风月同天”石额，置于鉴真纪念堂正殿东侧面西牖门之上。此牖门乃日本国宝鉴真坐像回扬“探亲”时，通往鉴真纪念堂正殿必经之处。