在L调查下，确定基拉就藏匿在关东并向其发出挑战。由于一次罪犯以每小时一个的方式死亡，使得L断定基拉应是日本调查总部的有关人员，为了秘密调查他们身边的人，遂要求FBI派遣探员到日本。当中的调查对象也包括了夜神月。在后来FBI探员集体遇害，日本警察普遍不信任L时，L被迫将调查组改为少数人控制，并在组员面前现身。L判断基拉嫌疑犯就在雷死前所调查的夜神家或北村家中，于是在两家安装和监视摄像机。可是，这对事前早有对策的夜神月没有用，反令调查者消除对他的怀疑。L对拥有不在场证据并且过于完美的夜神月未能释疑，于是决定亲自出马调查。他用假名流河旱树与夜神月入读东京大学，在开学典礼上告诉夜神月自己就是L，并由夜神总一郎亲口证实。
樱花电视台事件后，L邀请（基拉嫌疑犯之一及推理能力出众的）夜神月加入日本调查总部协助调查，并要求夜神月假扮真正的基拉写一封回信给第二基拉。而后，L认为基拉和第二基拉已有联系，怀疑在同一时期开始缠着夜神月的弥海砂。他指示阿渡到海砂家中调查，结果从那里带走证实海砂是第二基拉的证据并将其拘留。
夜神月在接受监禁的第50天，因为相泽的建议和经过总一郎的测试，夜神月和海砂被证明是清白。不过夜神月却被要求带上手铐和L拷在一起，24小时一起行动，协助调查基拉。之后，夜神月等人看穿第三基拉的行动与四叶集团有关，但因为与基拉有关的政治家施压，令调查不能继续。总一郎、模木、松田决定辞职继续调查，但相泽则做回警察。有感于人手不足的L，召唤艾巴和华迪帮手。正当得到新成员加入，准备小心进行调查时，由于松田擅自潜入四叶，告吹，但查明四叶的8位董事与基拉有关系。而为了铲除四叶基拉的绊脚石L，四叶委托在寻人方面非常了得的侦探艾拉路特调查L。L指示艾巴接近四叶，而后者自称是艾拉路特，成功接触到四叶。之后成功窃听到死亡会议，并采用希望制止他们杀人的夜神月的提议，由夜神月以L的身份联络说话有权威，但判断并非是基拉的奈南川，令他延缓杀人计划。
L打算以海砂为饵，锁定基拉的身份。而在艾巴协助下，成功让四叶董事和海砂面试。L在得到弥海砂提供的火口说出自己就是基拉的话录后，断定火口就是基拉，拟定捉拿火口的计划。并在逮捕火口后摸到笔记，看到雷姆，确立死神是存在的。火口卿介死后，L对“13日”这一条规则产生了怀疑，欲让渡联系世界各国请求以死刑罪犯试验其真假，可惜被对弥海砂有爱意的死神雷姆写入笔记杀死，死前确信了自己推测“月就是基拉”的结论。
被死神杀了的L，后被日本警方秘密埋葬，夜神月以为除了搜查班的人没有人知道L已经死亡。